Nos primeiros anos a obra foi ampliada. A construção do colégio passou a contar com oito cômodos e uma casa feita de taipa além de uma igreja anexa construída pelos próprios padres da Companhia de Jesus. Porém, aos poucos, já por volta de 1556, a aldeia começou dar sinais de decadência. Os indígenas começaram a reagir ao plano de catequese a eles imposto e voltavam a viver entre os seus, retornando aos seus antigos costumes e crenças.
Enquanto São Paulo de Piratininga enfrentava o afastamento dos indígenas e outras dificuldades, levando desânimo aos jesuítas, a vizinha Santo André da Borda do Campo, reduto de portugueses, índios e mamelucos padecia da pobreza e abandono. Temiam-se os ataques dos indígenas e ocorria a falta de alimentos. Aos poucos foi se fortalecendo a ideia de que era preciso mudar de local.
Diante da situação precária dos dois sítios e de seus habitantes em 1560, Mem de Sá, o terceiro governador geral, atendendo o apelo dos moradores ordenou a mudança da vila de Santo André para o local praticamente abandonado pelos jesuítas, na colina à beira do Anhangabaú. Para lá foram transferidos a Câmara e o Pelourinho, símbolos expressivos da administração colonial portuguesa. E, embora a vila continuasse a mesma o seu nome primitivo foi deixado de lado e passou a prevalecer o nome de vila de São Paulo de Piratininga.
Colina onde foi fundada a Vila de São Paulo de Piratininga. (Pintura de Debret.)
Os jesuítas, com o papel declinante do colégio no Planalto, chegaram a desmontá-lo no início de 1561 e levá-lo de volta para São Vicente. Ao final do mesmo ano instalaram novamente o colégio em Piratininga com uma nova função: o de uma escola para os filhos dos portugueses.
A vila de São Paulo de Piratininga seria habitada e dirigida a partir de então por brancos portugueses e mamelucos. João Ramalho e seus descendentes passam a ocupar lugar de destaque na vida do lugar.
Em 1564 tendo sido eleito vereador, contando com 71 anos de idade recusa o cargo alegando já estar muito velho. Com a liderança de João Ramalho passou a predominar e prevalecer o espírito dos mamelucos, caçadores de índios e desbravadores de sertões. Características e valores importantes dos futuros bandeirantes paulistas.
João Ramalho morreu em 1580. Neste final de século XVII outros personagens famosos dos primeiros tempos da vila também saem de cena devido ao falecimento: Manoel da Nóbrega (1570) e José de Anchieta (1597). Deixaram, no entanto, consolidada uma obra no planalto, um posto avançado e organizado da colonização portuguesa no interior do país. Em sua organização se tornou notável a presença e influências dos cristão velhos e dos cristãos-novos como Ramalho e Anchieta, dos guaianases e dos mamelucos, filhos da miscigenação decorrente das relações entre as diferentes raças.
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