Como parte integrante do centro de irradiação povoamento de Taubaté, prosseguindo no devassamento para a jusante surgiram dois bairros rurais: o de Tremembé e o de Pindamonhangaba.
Pindamonhangaba teve em sua formação a influência da família Leme e de João do Prado Martins, que já estava de posse de sua sesmaria desde 1643. As suas terras estavam situadas ao norte da vila de Taubaté. No dia 12 de agosto de 1672, Antônio Bicudo Leme e seu irmão Brás Esteve Leme deram início a construção da capela em louvor a São José. Nas últimas décadas dos seiscentos, concluída a capela de São José o povoado já estava consolidado. O nome do povoado na língua indígena signfica “lugar onde se faz anzóis.
A organização do povoado de Tremembé esteve associado a construção da capela em louvor do Senhor Bom Jesus cuja construção iniciada em 1672 foi concluída no ano de 1673. Tremembé, palavra de origem tupi significa o curso de água que se espraia, alagado ou brejo.
A vila de Mogi das Cruzes, que ficava em área intermediária entre os dois vales, serviu também como centro de irradiação e formação e fundação do aldeamento de Nossa Senhora da Escada e da aldeia de São José.
A aldeia de N. Sra. da Escada fundada no século XVII, às margens do Rio Paraíba onde se localiza a cidade de Guararema “foi organizada por Gaspar Cardoso, capitão mor de Mogi das Cruzes, em terras por ele doadas, reunindo, inicialmente, 800 índios, entregues a orientação de frades capuchinhos.” (Muller, 1969,18)
A aldeia de São José do Paraíba teve seu núcleo inicial em fazenda de gado administrada pelos padres jesuítas com a finalidade de reunir indígenas para a catequese, por volta de 1563. Ela foi instalada em parte do terreno da sesmaria obtida pelos jesuítas às margens do rio Paraíba do Sul, ao norte de Jacareí e aí se estabeleceram “em altiplano que escapava as enchentes do rio, uma aldeia que se chamou primeiramente Nossa Senhora do Desterro, depois Residência de Paraíba do Sul e, sucessivamente, ainda Residência de São José e aldeia de São José.” (Holanda, 1977,17) A fazenda de gado foi organizada pelos inacianos com o intuito de gerar renda para dar sustentação à missão missionária e manter seus colégios. Nelas utilizavam a mão de obra indígena, como faziam em outros aldeamentos como Itaquaquecetiba, Carapicuíba e Itapecerica da Serra. Esta situação fazia aumentar a revolta dos colonos que na época eram proibidos de escravizar e empregar a mão de obra escrava indígena.