Na continuidade da organização da região do Vale do Paraíba, partindo de Taubaté, em direção oposta a de Guaratinguetá, às margens do Caminho Velho dos Paulistas, em terreno que compõe a grande vargem da região, sob a influência do movimento da irradiação e influência da vila de Mogi das Cruzes iniciou-se um povoado em 1652 que seria levado a vila em 2 de novembro 1653. A nova vila recebeu o nome de Nossa Senhora da Conceição do Paraíba de Jacareí. Passou a ser o primeiro centro urbano na rota de penetração, a partir da vila de São Paulo, para o Vale do Paraíba.
A constituição da vila foi provocada, segundo estudos realizados, decorrente das dificuldades que os primitivos habitantes do lugarejo inicial tinham para alcançar a vila de Mogi das Cruzes, onde levavam mulheres e filhos para os serviços religiosos. Embora ficasse bem mais próximo que a vila de Taubaté o caminho para Mogi das Cruzes era muito montanhoso e inóspito, conhecido pelo caminho “dos sete pecados capitais”.
Conforme a tradição, aceita por vários historiadores e de grande influência em símbolos municipais, Jacareí foi fundada pelo paulista Antônio Afonso e seus filhos. No entanto, como afirmou Nice Lecocq Muller, para outros estudiosos a criação foi de iniciativa de foi Diogo Fontes que aparecesse como requerente, ao lado de algumas dezenas de assinantes do documento, como consta do livro foral da criação da vila. (Muller, 1969,17) O local em que se ergueu o povoado é que ficava em terras de Antônio Afonso.
Tabela: Relação das vilas seiscentistas: da Capitania de São Vicente e Itanhaém:
| 1 – São Vicente | 1532 |
| 2 – Santos | 1545 |
| 3- Santo André da Borda do Campo | 1553 |
| 4- São Paulo de Piratininga | 1560 |
| 5- Nossa Senhora da Conceição de Itanhaem | 1561 |
| 6- São João Batista de Cananéia | 1600 |
| 7- Mogi das Cruzes | 1611 |
| 8- Ilha Grande depois Angra dos Reis | 1624 |
| 9- Santana da Parnaíba | 1625 |
| 10- São Sebastião | 1636 |
| 11- Vila da Nossa Senhora das Neves de Santa Cruz do Salvador de Ubatuba |
1637 |
| 12- Vila de Nossa Senhora das Neves de Iguape | 1638 |
| 13- São Francisco da Chagas de Taubaté | 1645 |
| 14- Santo Antônio de Guaratinguetá | 1651 |
| 15- Nossa Senhora da Conceição de Jacareí | 1653 |