A colonização oficial da região do Vale do Paraíba teve início com a criação das primeiras vilas entre os anos de 1645 a 1653. Por esse tempo o conflito entre os colonos e os jesuítas ocorridos no planalto de Piratininga tinha sido resolvido com a expulsão dos membros da Companhia de Jesus e a perda da sua forte influência na vila de São Paulo e arredores. Este acontecimento ajudou na aproximação dos colonos paulistas com outras ordens religiosas. De tal forma que no Vale do Paraíba, no início de sua formação, ganharam destaque a presença dos carmelitas e franciscanos.
Os frades pertencentes à Ordem de Nossa Senhora do Carmo, os carmelitas, foram trazidos por Jaques Félix. Para abrigá-los foi erguido um templo sob a invocação de Santo Antônio, com escritura lavrada no ano de 1661 que já funcionava como capela desde o ano de 1658. O convento “ainda existia na última década do século XVII” (in Ortiz, 1996,35) e a partir da construção de outro Convento, o de Santa Clara dos franciscanos, passou a ser conhecido pelo nome de Convento Velho.
A ordem dos Carmelitas como revela a historiadora Kátia Mendonça não se opunham a caça e a escravidão dos indígenas. Dessa forma não contrariavam os interesses dos colonos e por “diversas ocasiões, os religiosos do convento forneceram índios, provisões e até dinheiro aos sertanistas que cativassem escravos indígenas.“ (Mendonça, 2014,77).
Os franciscanos se instalaram na vila de Taubaté nos primórdios de sua formação. Organizaram o convento para viver em fraternidade, com os tradicionais votos de pobreza, castidade e obediência. O Convento denominado de Santa Clara foi construído pelos franciscanos contando com a ajuda dos primeiros colonos para a sua instalação. Foi fundado no ano de 1673 e a escritura foi lavrada no ano seguinte com a participação de inúmeros moradores . Foi então construído o prédio com a finalidade de abrigar os religiosos de São Francisco sob invocação de Santa Clara. O seu primeiro guardião e responsável pela obra foi frei Jerônimo de S. Braz.
A partir de do dia 15 de julho de 1675, mediante a Bula Pastoralis Officii, o Papa Clemente X erigiu oficialmente a Província da Imaculada Conceição do Brasil, desmembrada da Província de Santo Antônio do Brasil. Por essa época contava com dez conventos e o Convento de Santo Antônio do Rio de Janeiro, construído em 1608 passou a ser a sede provincial por dois séculos.
Os conventos franciscanos foram “antes de tudo, centros de irradiação do próprio carisma franciscano, com atividades apostólicas muito bem definidas”, com destaque no Vale do Paraíba no século seguinte para Frei Galvão ou Santo Antônio de Sant’Ana Galvão.