Por esse tempo, “riqueza, cargos públicos e patentes militares formavam o conjunto de elementos capazes de elevar o status social de uma pessoa, por isso eram cobiçados por uns respeitados por todos.” (Lima,2011, 125,) Dessa maneira o poder local se organizava e se desenvolvia com a posse de terras e de escravos, o exercício do mando político nos quadros da administração local e a ascensão a cargos na hierarquia militar.
Portugal diferentemente de outros Estados Nacionais europeus teve uma organização militar tardia. A formação de tropas terrestres com a necessária disciplina militar voltada para os conflitos armados não aconteceu de imediato. Até pelo menos a metade do século XVII continuava com uma visão tradicional medieval com relação a formação e manutenção de suas tropas regulares. Desde o século XVI mantinha uma armada permanente, que funcionava tanto com atividades comerciais como uma armada de guerra, sustentada pela Coroa. Ela foi o grande sustentáculo das conquistas ultramarinas.
A estrutura militar que vigorou na capitania e no Vale do Paraíba obedecia a seguinte organização: havia as tropas regulares criada em 1640 em Portugal que eram formadas por oficiais pagos, que se dedicavam exclusivamente a atividades militares, organizada em terços e companhias com seus postos comandados por um mestre de campo general comandadas por um Mestre de Campo seguido pelo capitão, tenente, alferes e sargento e as tropas auxiliares.
As tropas auxiliares por sua vez eram divididas em milícias e em companhia de ordenanças.
As milícias, criadas em 1641, eram de serviço obrigatório e não remunerado para os civis e serviam de apoio às tropas de primeira linha. Tinham um caráter territorial móvel, podendo se deslocar de sua base territorial para prestar auxílio. Era formada por homens aptos ao serviço militar já que eram treinados e mobilizados em caso de necessidade bélica e, portanto não estavam totalmente ligados às atividades militares como ocorria nas tropas pagas. Também estava organizada em terços,
As Ordenanças, também conhecidas com Companhia de Ordenanças, criadas em 1549, como as auxiliares, não recebiam pagamento e eram compostas pela própria população, mais precisamente a masculina entre 16 a 60 anos de idade. Elas eram fixas e constituíam as forças militares locais que podiam ser convocadas em momentos de necessidades. Tinham como função realizar a defesa do território e procuravam realizar um arrolamento de toda a população para as situações de necessidade militar. Deveriam ter seus próprios equipamentos militares, permaneciam em seus serviços particulares e somente em caso de perturbação da ordem pública abandonavam suas atividades. Seus integrantes formavam um grupo de homens que não possuíam instrução militar sistemática, mas que, de forma paradoxal, eram utilizados em missões de caráter militar e em atividades de controle da ordem local . Os oficias da mais alta mais patente eram: capitão mor, sargento mor, capitão, seguidos dos oficiais inferiores que eram os alferes, sargentos, furriéis, cabos de esquadra, porta estandartes e tambor. Com a sua existência era fortalecido o poder dos senhores de terras locais que, desse modo, podiam dispor de uma força armada para impor sua própria ordem e resguardar seus interesses.
A organização militar imposta pela Coroa Portuguesa teve importância na medida em que estendeu para o âmbito regional a ordem administrativa e a sua defesa. O controle na nomeação dos cargos locais pela administração colonial garantia a conservação da ordem colonial e prestígio aos ocupantes dos cargos militares. Garantia-se desta forma a unidade administrativa, moldada pela estreita relação da esfera local com a central, e, a manutenção da empresa colonial moldada pelos interesses metropolitanos e dos colonos.